Mielagėnai minimi 1743 m. akte, aprašant Mielagėnų dvaro ribas. 1656 m. dvaro savininkas buvo Fabijonas Roličius-Kochanskis. 1736 m. dvaras priklausė Livonijos taurininkams Justinai ir Kazimierui-Petrui Kublickams. 1768 m. Mielagėnams buvo suteikta valdovo (Stanislovo Augusto, Lietuvos didžiojo kunigaikščio, Lenkijos karaliaus) privilegija. Netoli miestelio teka Kančioginės upelis (Erzvėto ež. intakas).
1790 m. pastatyta katalikų Švč. Jono Krikštytojo bažnyčia stovi iki šiol. Mielagėnuose taip pat veikia globos namai.
1861 m. Mielagėnuose gyveno 180, 1959 m. - 421, 2003 m. - 298 gyventojai.