Barokinė Švč. Trejybės bažnyčia Stakliškėse buvo pastatyta 1770-1776 m. Ją pastatė tuometinis Stakliškių seniūnas Juozapas Boufalas.
Pirmoji bažnyčia miestelyje buvo pastatyta dar iki 1586 m. 1596 m. bažnyčiai buvo dovanoti keletas aplinkinių kaimų ir ežeras, su sąlyga, kad bažnyčios kunigas mokės lietuviškai ir įsteigs mokyklą. Vėliau bažnyčios valdos buvo dar labiau išplėstos.
1665 m. bažnyčią sudegino Rusijos kariuomenė. Nauja bažnyčia 1663 m. nauja bažnyčia buvo beveik baigta - trūko tik stogo. Tačiau darbai užsitęsė ir bažnyčia buvo baigta tik 1674 m. Tačiau po 70-ties metų jos vietoje buvo pastatyta dabartinė bažnyčia.
1871-1900 m. Stakliškėse klebonu dirbo Vincas Butvydas, kuris dalyvavo knygnešių veikloje ir kitaipkėlė apylinkės gyventojų tautinį sąmoningumą.
