Miestelis, įsikūręs ant Žeimenos ir Dubingos santakos, rašytiniuose šaltiniuose minimas nuo XV a. Tada tiltų nebuvo ir tekdavo perbisti upę. Todėl manoma, kad nuo žodžio „brada“ ir kilo gyvenvietės pavadinimas.
Labai ilgai gyvenvietė priklausė dvarui, kurį valdė didikai - Nosilovskiai, Radvilos, Tyzenhauzai, Tiškevičiai. Iki XIX a. Pabradė buvo nedidelis miestelis, kuris šliejosi prie Vilniaus-Daugpilio kelio. Šalia buvo smuklė, kuri išlikusi iki šių dienų. Gyvenvietė pradėjo augti tik XIX a. antojoje pusėje, kai nutiesė Peterburgo-Varšuvos geležinkelį.
1927 m. buvusioje stačiatikių cerkvėje buvo įrengta Pabradės šv. Juozapato katalikų bažnyčia (neobizantinio stiliaus architektūra).
1939 m., remiantis Lietuvai primesta Maskvos sutartimi (TSRS-Vokietijos sutarties padarinys), netoli Pabradės, caro laikų poligone, buvo įkurta sovietinė karinė bazė. 1940 m. birželio 15 d. iš čia išsiveržė vienas iš Lietuvos okupacijos srautų.
1957 m. rugsėjo 1-ąją atidaryta lietuviška septynmetė mokykla, 1959-aisiais reorganizuota į 2-ąją vidurinę mokyklą. 1963 m. duris atvėrė miesto kultūros namai, rusų ir lenkų 1-oji vidurinė mokykla. Kultūros namuose įsikūrė ir miesto biblioteka. Muzikos mėgėjus sukvietė muzikos mokykla.
Atkūrus nepriklausomybęį Lietuvą pradėjo plūsti nelegalai, todėl Pabradėje buvo įkurtas Užsieniečių registracijos centras.
