Rukainių bažnyčia turi baroko bruožų, yra stačiakampė, dvibokštė.
Pirmoji bažnyčia Rukainiuose pastatyta 1538 m. Ji buvo medinė. 1812 m. ją sudegino prancūzų kariuomenė. 1818 - 1823 m. bažnyčia buvo atstatyta. Tačiau ją Rusijos valdžia pertvarkė į cerkvę. 1912 m. buvo pastatyta medinė bažnyčia, tačiau 1918 m. buvo grąžinta mūrinė ir pamaldos perkeltos atgal į ją.
