Jonavos Šv. apaštalo Jokūbo bažnyčia yra klasicistinė, dvibokštė, vidus trijų navų, atskirtų pilioriais. Bažnyčia ir greta esantis dviaukštis vienuolyno pastatas yra seniausi Jonavos pastatai.
Pirmoji bažnyčia Jonavoje buvo pastatyta 1750 m. Pradžioje ji buvo medinė, tačiau buvo perstatyta 1791-1793 m., pagal L. Stuokos - Gucevičiaus projektą. Tuo metu Jonavoje buvo trinitorių vienuolynas, tačiau 1827 m. vienuoliai buvo iškelti, o vienuolyne apsigyveno kareiviai.
Iki 1905 m. bažnyčioje pamaldos buvo laikomos lenkiškai, vėliau - kas antrą šventadienį vyko lietuvių kalba.1934-1935 m. bažnyčia suremontuota, pastatyti du bokštai, nugriauta senoji varpinė, tačiau išliko klebonija ir vienuolyno pastatas.
